大部分类型的结膜炎预后良好，并不会留下任何后遗症，仅仅一小部分人会出现视力损害。多数细菌性和病毒性结膜炎属于自限性疾病，并不会诱发严重的并发症。急性细菌性结膜炎治疗后5天内就能改善；病毒性结膜炎通常10~14天就能消退，但慢性结膜炎却无法治愈。